Wajib Pajak yang melakukan pembatalan transaksi, namun sudah terlanjur menerbitkan Faktur Pajak, dapat melakukan pembatalan Faktur Pajak. Pembatalan tersebut harus dilakukan melalui aplikasi EFaktur Desktop. Untuk pembatalan FP sendiri mekanismenya diatur dalam PER 24/2012. Dimana Penjual dan Pembeli harus memberitahukan kepada KPP tentang pembatalan FP tersebut. Setelah melakukan pembatalan faktur, wajib pajak harus melakukan pembetulan Surat Pemberitahuan (SPT) menggunakan aplikasi efaktur web based.
Berikut tata cara pembatalan yang ada di lampiran PER 24/PJ/2012 :
1. Dalam hal terjadi pembatalan transaksi penyerahan BKP dan/ atau penyerahan JKP yang Faktur Pajak-nya telah diterbitkan, maka Faktur Pajak yang telah diterbitkan tersebut harus dibatalkan.
2. Pembatalan transaksi harus didasarkan oleh keadaan sebenarnya dan didukung oleh bukti atau dokumen yang membuktikan bahwa telah terjadi pembatalan transaksi. Bukti dapat berupa pembatalan kontrak atau dokumen lain yang menunjukkan telah terjadi pembatalan transaksi.
3. Faktur Pajak yang dibatalkan harus tetap diadministrasi (disimpan) oleh PKP Penjual yang menerbitkan Faktur Pajak tersebut.
4. PKP Penjual yang membatalkan Faktur Pajak harus mengirimkan surat pemberitahuan dan copy dari Faktur Pajak yang dibatalkan ke KPP tempat PKP Penjual dikukuhkan dan ke KPP tempat PKP Pembeli dikukuhkan.
5. Dalam hal PKP Penjual belum melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan di dalam SPT Masa PPN, maka Pengusaha Kena Pajak penerbit faktur pajak (penjual) wajib tetap melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
6. Dalam hal PKP Penjual telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Keluaran, maka Penerbit faktur pajak (penjual) harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak atas faktur pajak betal tersebut, dengan cara melaporkan Faktur Pajak keluaran yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom Dasar Pengenaan Pajak, PPN yang dipungut dan PPnBM (apabila terutang PPnBM).
7. Dalam hal PKP Pembeli telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Masukan, maka PKP yang menerima faktur pajak yang dibatalkan tersebut (Pembeli) harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan. Pembetulan tersebut dilakuka oleh Pmbeli (penerima faktur) dengan cara melaporkan Faktur Pajak masukan yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom Dasar Pengenaan Pajak, Pajak Pertambahan Nilai atau dan Pajak Penjualan Barang Mewah (apabila terutang PPnBM).
Perlu diperhatikan bahwa pembatalan FP harus didasarkan dengan pembatalan transaksi yang terjadi, bukan kesalahan dalam penginputan faktur pajak. Lebih lanjut mengenai faktur pajak, mari kita belajar pajak bersama.